Der zweite Band der amtlichen Korrespondenz Ernst Haeckels widmet sich seinem institutionellen Umfeld. Als Direktor des Großherzoglichen Zoologischen Museums erweiterte er ab 1862 den Sammlungsbestand und knüpfte ein weltweites Netzwerk.

Sein wachsender Ruf und sein unermüdliches Engagement für die Popularisierung der von Charles Darwin begründeten Evolutionslehre und die Durchsetzung eines naturwissenschaftlichen Weltbildes verschafften ihm finanzielle Zuwendungen in erstaunlichen Größenordnungen, unter denen die für Forschungsreisen und neue Wissenschaftlerstellen verwendete Paul von Ritter'sche Stiftung für phylogenetische Zoologie herausragt. Als Kollator von Stipendienstiftungen förderte Haeckel den Nachwuchs, der die Evolutionsbiologie an anderen Universitäten, Museen und Schulen etablierte. Der von namhaften Spenden seiner Anhänger und Gönner mitgetragene und 1908 fertiggestellte Bau des Phyletischen Museums bildet bis heute ein Wahrzeichen Jenas. Schließlich gelang ihm mit der Stiftung seiner "Villa Medusa", die Errichtung eines Instituts und Museums, das als "Ernst-Haeckel-Haus" der Geschichte der Entwicklungslehre und damit auch seines eigenen Wirkens gewidmet sein sollte.